気づいてしまえばあまりにも簡単なのになかなか気づかずに数時間を費やしたため、メモっとく。
Quartz Composerのメニューバーから、File>Export as QuickTime movieを選択。
このままだとMacのQuickTimeでしか再生できないので、ffmpegXを使って他の動画ファイル形式に変換する。参考にしたページは次>http://igarashikuniaki.net/tdiary/20051020.html
この記事ではH.264で書き出しに失敗するとあるが、私の手元にあるffmpegX v0.0.9xでは問題なく書き出せた。
書き出しに成功するのは、エンコーダーがmpeg2encもしくはx264の場合のみのようだ。エンコーダーにffmpegやmencoderを使うと失敗する模様。